Construida a partir de 1486. Los promotores de esta obra fueron los Duques de Medinaceli , señores de El Puerto.  En 1493 el templo ya se encontraba abierto al culto La Iglesia Mayor Prioral consta de tres naves con bóvedas nervadas y otras dos naves más para las  numerosas capillas  de diferentes estilos artísticos. Tiene amago de crucero y ábside pentagonal.   Con motivo del terremoto de Lisboa en 1755 sufre grandes daños y ha de ser restaurada. En esta restauración se perdió el retablo mayor.