En los primeros años de su existencia tuvo el carácter de Hospicio. En los años 1877, 1885 y 1889 la Iglesia y Convento fueron sometidos a reparaciones principalmente en revoques y en la cubierta de tejas. Pero la mayor intervención la constituyó la decoración de la nave en estilo renacentista, realizada por el arquitecto don Ignacio Cremonesi.

Esta Iglesia es un buen ejemplo tipo de la arquitectura del Valle Central; siguiendo el esquema general que se desarrolla durante el periodo colonial en Chile, conforma una de los lados del claustro principal del Convento. Su nave, larga profunda, está formada por gruesos y altos muros de adobe reforzados hacia el exterior del muro, que da a la calle por fuertes machones.

Tras su restauración en el año 1975, el interior presenta muros lisos, blancos. En el cielo, entablado en artesón, deja a la vista los nudillos y pares de la techumbre. La torre está adosada a la nave en el mismo plano de la fachada principal. Su alto, dado de forma cuadrada, contiene la escalera que conduce al Coro y a la plataforma del tambor superior que aloja a las campanas.

En relación con los aspectos constructivos, cuenta con cimientos de piedra bolón, muros de adobe de 1,2 metros de espesor, techumbre de madera, de tirante par y nudillo a la vista con entablado superior, cubierta de tejas de arcilla hechas a mano, tambor superior de la torre de madera y capitel forrado en láminas de cobre.

Actualmente, en la calle Estado se encuentran viviendas particulares y es de gran importancia la plaza de La Merced; por Mujica se destaca la sede de la Fundación Oscar Castro; en Alcázar hay varios locales conectados entre peluquerías y pequeños negocios; finalmente, en calle Cuevas hay locales de venta de libros usados y nuevos.

Parte de esta zona típica fue demolida sin autorización del Consejo de Monumentos Nacionales (enero 2007) siguiéndose actualmente un proceso judicial.