En el año 1824 se funda la Parroquia de Codegua y a contar del año 1833 el mercenario secularizadoPresbitero Jerónimo Durán Ríolobas fue su párroco durante 30 años. En este período con la ayuda de la comunidad se levantó la Iglesia Nuestra Señora de la Merced. La Construcción se llevo a cabo entre los años 1850 y 1856. Originalmente consistía en una nave rectangular dividida en tres áreas: Coro y sotocoro, presbiterio y nave, acompañadas de dos capillas laterales que formaban una cruz latina, contiguo al lado sur se emplaza la torre campanario, rematada en la parte superior con arcos de medio punto.
La Iglesia está conectada a la Casa parroquial a manera de claustro, como continuidad de la capilla de la sacristía  (capilla sur), esta construcción se ordena en torno al patio central rodeado por un corredor convertido, en parte, en galería cerrada. En los años 1997 y 2007 se realizaron reforzamientos de la estructura de la iglesia con contrafuertes, pilares y vigas de amarre dan estabilidad a la construcción.

Con el terremoto del año 1985, se destruyó la Capilla lateral norte.
Actualmente, se mantiene en pie la nave centra, el campanario y la sacristía (capilla lateral sur).

En el paisaje rural propio de la zona central, el templo destaca por la altura de su campanario.