Desde 1982, año en que se abrieron sus puertas, el Museo Municipal viene desarrollando sus secciones de Arqueología y Bellas Artes y Etnológica.
El Museo cuenta con una Dirección, un Departamento de Conservación y Restauración y un Servicio de Difusión.
Desde 1992, el Museo se halla orgánica y administrativamente integrado en la Concejalía de Cultura del Excmo. Ayuntamiento de El Puerto de Santa María.