Está ubicada en lo que fue Hospital de Nuestra Señora de La Mayor, en solares comprados por la Villa en 1546, bajo la dirección de Enrique Egas el Mozo. La iglesia, por razones económicas, se termina hacia 1602, como está indicado en el rosetón de su fachada.

Las arcadas descansan sobre seis pilares cruciformes de piedra que tienen adosadas medias columnas toscanas con basamento semicircular. Las tres naves desembocan en ábsides poligonales, siendo el de la capilla mayor pentagonal y cubierto por bóveda nervada y los laterales, de tres lados cubiertos por veneras o conchas. En el muro, de una gran solidez, se abren altas ventanas formadas por arcos de medio punto que dan a luz un claro sentido renacentista en oposición a las vidrieras del mundo gótico.

El exterior está construido en mampostería y las fachadas están articuladas por contrafuertes que siguen el módulo de proporción de la iglesia. La fachada principal, remarcada por dos contrafuertes posee un gran rosetón de ladrillo y se remata por un frontón formado por las cubiertas.

La iglesia cuenta con dos portadas barrocas en los lados norte y sur y una torre inconclusa proyectada en el siglo XVII por arquitecto Benito de Soto, vecino de Almagro.